Ablauf-Schema zur Berechnung von UV/Vis-Spektren mit den Programmen

GAUSSVIEW – ( GAUSS ) – WPSIN4

Es ist zweckmäßig, für zusammenhängende Rechnungen mit dem UNIX-Befehl mkdir ein neues Verzeichnis anzulegen und dann mit dem Befehl cd dorthin zu wechseln. Wenn man das nicht macht, dann hat man bald einen unübersichtlichen Verhau in seinem Heimatverzeichnis.

1) Aufbau des Moleküls und Abspeichern der Geometrie in der Datei name.com

1a) Aufruf des Programms GAUSSVIEW mit gv.

1b) Aufbau des Moleküls mit diesem Moleküleditor

1c) Abspeichern des Moleküls mit
File - Save - Write Cartesian Coord. – name.com

Das Einstellen der Option "Kartesische Koordinaten" und der Extender com müssen sein !

2) Optimieren der Geometrie mit dem Befehl wsub name (ohne Extender ! )

Dabei wird die Datei name.com in das Queuing-System unserer CIP-Rechner geschickt und die Berechnung erfolgt mit dem Programm GAUSS auf einem der Rechner cicum11 mit cicum15.

Man kann den Stand der Rechnung mit dem Befehl qstat –f verfolgen. Ist die Berechnung beendet, dann sollte im eigenen Verzeichnis das Ergebnis in der Datei name.log vorliegen.

Liegt die Datei name.log bereit, dann wird die optimierte Geometrie mit dem Programm GAUSSVIEW über File load begutachtet. Im Menu Calculate Gaussian muss eventuell Charge = Ladung und Spin = singlet angegeben werden und dann müssen die Kartesischen Koordinaten abgespeichert werden mit
File - Save - Write Cartesian Coord. – name.xyz

Das nachfolgende Programm wpsin4 erwartet die Kartesischen Coordinaten der Datei name.xyz.

3) Berechnen der UV/Vis-Spektren mit dem Befehl wpsin4 name (ohne Extender ! )

Das Programm wpsin4 liest die Datei name.xyz als Eingabe-Datei und schreibt die Ergebnisse in die Datei name.psx und name.mos

Beide Dateien sind reine ASCII-TEXT-Dateien und können mit einem Editor (z.B. vi oder nedit gelesen oder gedruckt werden.

Viel Spass, HUW.